ASUSマザーボードのLED装飾は「通電していると光る」がデフォルトのようで、シャットダウンしても光り続けるために、少し気持ち悪い。

ググってみると、BIOS → 詳細設定モード（F7）→ 詳細 → APM → ErP 対応の項目プルダウン「有効（S4+S5）」または「有効（S5）」を選択する。 
詳細に戻って
オンボードデバイス設定構成 → 電源オフ状態 (S5) の USB 給電項目プルダウン「無効」を選択。

F10（保存して再起動）でシャットダウン後はLEDが光らなくなるそうですが、自分の環境では光りっぱなしのままでした。

色々確認したところ「Armoury Crate」がインストールされている場合はそちらが優先されるようです。

Armoury Crateを起動して「デバイス」→「該当マザーボード」を選択。

「シャットダウン時」→「OFF」を選択。

これでシャットダウン後、マザーボードのLEDは消灯し、Windows起動するとLEDが光るようにできました！

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